Dentro de la cirugía bucal, en la especialización de la implantología, el escáner CBCT en 3D optimiza el plan de tratamiento con implantes dentales, ya que permite localizar y determinar la distancia a las estructuras anatómicas vitales, medir la anchura del hueso alveolar y visualizar el contorno del hueso, determinar si es necesario un injerto de hueso o un levantamiento de seno, seleccionar el tamaño y el modelo de implante más adecuado.
El uso del CBCT en endodoncia destaca principalmente por la capacidad de reducir o eliminar la superposición de las estructuras circundantes. Es por esto que se pueden ver la anatomía de los conductos radiculares, gracias a ella se identifica la patología periapical y permite una evaluación adecuada antes de iniciar el tratamiento.
Otra especialidad de la odontología que puede ser beneficiada por el CBCT es la periodoncia. Gracias a esta tomografía, se puede obtener información volumétrica de todas las superficies. Es importante en el diagnóstico y en el análisis cuantitativo de los defecto periodontales, así como los defectos periodontales de la furca.